Kedalaman perairan rata-rata yang diperlukan untuk pertumbuhan rumput laut tergantung pada jumlah intensitas cahaya matahari. Menurut Soegianto dan Sulistijo (1985) dalam Syahputra (2005), kedalaman yang ideal bagi pertumbuhan rumput laut di Kepulauan Seribu dengan metode dasar dalam 0,3-0,6 m pada surut terendah. Keadaan yang demikian dapat mencegah kekeringan bagi tanaman. Kedalaman perairan juga berpengaruh terhadap metode budidaya rumput laut yang akan digunakan untuk penanaman rumput laut.
Perairan dengan kedalaman < 3 m dapat menggunakan metode dasar atau lepas dasar, namun perairan yang memiliki kedalaman > 3 meter sebaiknya menggunakan metode apung. Hal ini juga berpengaruh terhadap konstruksi dan biaya yang akan dikeluarkan oleh petani rumput laut.
Gambar 11. Penggunaan metode lepas dasar untuk budidaya rumput laut pada kedalaman perairan yang masih memperoleh cukup sinar matahari