Kedalaman suatu perairan berhubungan erat dengan produktivitas, suhu vertikal, penetrasi cahaya, densitas, kandungan oksigen, serta unsur hara (Hutabarat dan Evans, 2008). Kedalaman perairan sangat berpengaruh terhadap biota yang dibudidayakan. Hal ini berhubungan dengan tekanan yang diterima di dalam air, sebab tekanan bertambah seiring dengan bertambahnya kedalaman (Nybakken, 1992). Kedalaman merupakan parameter yang penting dalam memecahkan masalah teknik berbagai pesisir seperti erosi.
Pertambahan stabilitas garis pantai, pelabuhan dan kontraksi, pelabuhan, evaluasi, penyimpanan pasang surut, pergerakan, pemeliharaan, rute navigasi. Kedalaman juga sangat berpengaruh terhadap penentuan teknologi budidaya perairan yang dilakukan di laut ataupun di perairan tergenang ataupun mengalir. Kedalaman berhubungan erat dengan Batimetri yang berarti ilmu yang mempelajari kedalaman di bawah air dan studi tentang tiga dimensi lantai samudra atau danau.
Sebuah peta batimetri umumnya menampilkan relief pantai atau daratan dengan garis-garis kontur (contor lines) yang disebut kontur kedalaman (depth contous atau subath). Berdasarkan kedalamannya perairan laut dapat dikelompokkan menjadi 4 zona, antara lain :
a) Zona Litoral
Zona Litoral yaitu wilayah antara garis pasang dan garis surut air laut. Wilayah ini kadang-kadang kering pada saat air laut surut dan tergenang pada saat air laut mengalami pasang. Zona litoral biasanya terdapat di daerah yang pantainya landai. Zona litoral adalah bagian dari laut, danau atau sungai yang dekat dengan pantai. Dalam lingkungan pesisir zona pesisir memanjang dari tanda air yang tinggi, yang jarang terendam, untuk daerah pantai yang secara permanen terendam. Ini selalu mencakup ini zona intertidaldan sering digunakan untuk berarti sama dengan zona intertidal. Namun, arti dari “zona litoral” dapat meluas melewati zona intertidal.
b) Zona Neritik
Zona neritik adalah zona laut yang memiliki kedalaman dangkal, sampai kedalaman200 meter. Zona neritik ini adalah zona indah primadona dengan aneka ragam terumbu karang sekaligus tempat bekumpulnya ikan-ikan. Zona neritik adalah wilayah laut mulai zona pasang surut sampai kedalaman 200 meter, zona ini sering disebut wilayah laut dangkal. Ciri-ciri zona neritik diantaranya :
(1) Sinar matahari masih menembus dasar laut
(2) Kedalamannya ±200 m
(3) Bagian paling banyak terdapat ikan dan tumbuhan laut
Zona neritik berada di paparan benua yang dihuni oleh biota laut yang berbeda dengan zona oseanik karena :
(1) Kandungan zat hara di mintakat neritik melimpah.
(2) Sifat kimiawi perairan neritik berbeda dengan perairan oseanik karena berbeda-bedanya zat-zat terlarut yang dibawa ke laut dari daratan.
(3) Perairan neritik sangat berubah-ubah, baik dalam waktu maupun dalam ruang, jika dibandingkan dengan perairan oseanik. Hal ini dapat terjadi karena dekatnya mintakat ini dengan daratan dan adanya tumpahan berbagai zat terlarut dari darat ke laut.
(4) Penembusan cahaya, kandungan sedimen dan energi fisik dalam kolom air berbeda antara mintakat neritik dan mintakat oseanik.
c) Zona Batial
Zona Bathyal (wilayah laut dalam), adalah wilayah laut yang memiliki kedalaman antara 150 hingga ± 2000 meter. Wilayah ini tidak dapat ditembus sinar matahari, oleh karena itu kehidupan organismenya tidak sebanyak yang terdapat di zona neritic. Zona batial laut dimulai dari batas bawah dari rak(biasanya 130-200 m) atas dasar lereng, yang terletak di kedalaman 2000 m zona ini ditandai dengan air yang tenang, tidak adanya cahaya, hewan hidup sangat miskin dan pengaruh yang lemah tanah dengan proses yang terjadi dalam lingkungan. Dengan tidak adanya cahaya di sana, tidak ada tanaman.
d) Zona Abisal
Zona abisal adalah suatu zona di dasar lautyang amat dalam, dimulai dari kedalaman 1000meter sampai 6000meter. Zona ini termasuk kedalam lubuk laut dan palung laut. Tekanan air laut sangat besar sehingga hanya sedikit binatang-binatang laut yang dapat hidup di zona ini. Binatang laut yang dapat hidup di zona ini cenderung pipih dan panjang. Tepat di atas zona abisal terdapat zona bathyal, daerah yang terakhir mendapatkan cahaya dimana sebagian besar kehidupan laut itu ada.
Sedangkan tepat dibawah zona abisal yaitu zona hadal, daerah yang diliputi oleh kegelapan abadi. Materi sedimentasi sangat halus, berupa sejenis lumpuryang kemerah-merahan dan terdiri dari hancuran diatomea dan radiolaria, karena dalam kedalaman sekitar 3000 meter kerangpun sebelum mencapai dasar laut telah hancur dan larut. Dikarenakan tekanan air di zona abisal ini bertambah satu atmosfer setiap kedalaman 33 kaki, hewan di zona abisal harus mampu menahan tekanan yang besar.
Tekanan ini membuat manusia sangat sulit untuk mengeksplorasi laut dalam. Contoh binatang yang dapat hidup di zona abisal ini adalah cumi-cumi raksasa. Karakteristik dari zona ini antara lain cahaya, tekanan, suhu, oksigen, dan makanan. Karena sangat dalam dan gelap, lapisan abysal tidak mendapat cahaya. Sehingga sebagian besar dari makhluk hidup di lapisan ini memiliki tubuh yang menghasilkan cahaya biru-hijau (bioluminescence). Selain itu, mereka juga memiliki mata yang lebih besar untuk menangkap cahaya lebih banyak.
Gambar 10. Zonasi perairan laut berdasarkan kedalamannya
Menurut Hutabarat dan Evans (1985), kedalaman perairan merupakan petunjuk keberadaan parameter oseanografi. Intensitas cahaya matahari akan berkurang secara cepat dan akan menghilang pada kedalaman tertentu, begitu pula temperatur dan kandungan oksigen terlarut semakin berkurang pada kedalaman tertentu sampai dasar perairan. Jadi kadar oksigen terlarut sangat berkaitan juga dengan variabel kedalaman suatu perairan atau kolam.
Fitoplankton dalam melakukan fotosintesis membutuhkan cahaya matahari. Penyinaran cahaya matahari akan berkurang secara cepat dengan makin tingginya kedalaman. Ini sebabnya fitoplankton sebagai produsen primer hanya dapat didapat di suatu daerah atau kedalaman dimana sinar matahari dapat menembus pada badan perairan.