Hama dan penyakit dapat menyebabkan rusaknya tanaman rumput laut, hal ini karena hama rumput laut bersifat grazer sehingga tanaman rumput laut dikonsumsi oleh hama yang ada dilokasi budidaya. Ada juga hama rumput laut yang sifatnya menempel pada thallus rumput laut, hal ini menyebabkan thallus rumput laut tidak dapat menerima nutrien dan oksigen yang tersedia di perairan dengan optimal karena permukaannya tertutupi oleh hama penempel.
Hama yang sifatnya epifit merupakan hama yang menempel dan mengambil nutrien dari thallus rumput laut untuk bertahan hidup, seperti benalu. Hama rumput laut umumya memangsa rumput laut sehingga akan menimbulkan kerusakan fisik terhadap thallus, dimana thallus akan mudah terkelupas, patah ataupun habis dimakan hama. Hama mikro merupakan organisme parasit yang umumnya mempunyai panjang kurang dari 2 cm.
Hama mikro umumnya hidup menumpang pada rumput laut, hama mikro yang sering menyerang rumput laut antara lain :
a) Larva bulu babi (Tripneustes sp.) yang bersifat planktonik, melayang-layang didalam air dan kemudian menempel pada tanaman rumput laut.
b) Larva teripang (Holothuria sp.) yang mula-mula menempel dan menetap pada thallus rumput laut, kemudian tumbuh menjadi besar. Larva yang sudah besar tersebut dapat memakan thallus rumput laut secara langsung dengan cara menyisipkan ujung-ujung cabang rumput laut kedalam mulutnya.
c) Lumut Kutu, berwarna coklat kehitaman dengan ukuran yang kecil seperti rambut, biasanya menempel dan menembus jaringan thallus rumput laut menyebabkan terhambatnya penetrasi cahaya matahari sehingga thallus rumput laut membusuk dan rontok. Tingkat Penyebarannya cepat dan menjadi penyebab kerusakan masal pada budidaya rumput laut.
d) Epifit, hama mikro juga dapat berupa epifit atau jenis rumput laut lain yang secara tidak sengaja spora dari rumput laut lain terbawa arus sehingga dapat menempel dan menetap pada thallus yang dibudidayakan. Epifit ini juga dapat mengurangi penetrasi cahaya yang diterima oleh rumput laut budidaya sehingga secara tidak langsung dapat mempengaruhi pertumbuhan rumput laut yang dibudidayakan. Rumput laut yang ditempeli epifit, thalusnya akan menjadi lembek, pucat, kurus hingga akhirnya hancur.
e) Kumpulan telur, hama mikro lain yang ditemukan pada rumput laut dapat juga berupa kumpulan dari telur organisme lain yang ditempelkan di tanaman rumput laut yang dibudidayakan atau ada juga organisme lain yang menjadikan rumput laut sebagai shelter atau tempat berlindung sehingga menyimpan makanan di tanaman rumput laut tersebut.
Gambar 17. Hama mikro pada rumput laut (a) Sphacelaria sp. (b) Neosiphonia sp. (c) Zoocanthid dan (d) kumpulan telur hewan laut atau Bryozoans