Keberadaan hewan bentos pada suatu perairan, sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor lingkungan, baik biotik maupun abiotik. Faktor biotik yang berpengaruh diantaranya adalah produsen, yang merupakan salah satu sumber makanan bagi hewan bentos. Adapun faktor abiotik adalah fisika-kimia air yang diantaranya: suhu, arus, oksigen terlarut (DO), kebutuhan oksigen biologi (BOD) dan kimia (COD), serta kandungan nitrogen (N), kedalaman air, dan substrat dasar.
Zoobentos merupakan hewan yang sebagian atau seluruh siklus hidupnya berada di dasar perairan, baik yang sesil, merayap maupun menggali lubang (Odum 1993). Hewan ini memegang beberapa peran penting dalam perairan seperti dalam proses dekomposisi dan mineralisasi material organik yang memasuki perairan, serta menduduki beberapa tingkatan trofik dalam rantai makanan (Odum, 1993). Benthos memegang beberapa peran penting dalam perairan seperti dalam proses dekomposisi dan mineralisasi material organik yang memasuki perairan serta menduduki beberapa tingkatan trofik dalam rantai makanan.
Suwondo dkk, (2004) juga mengemukakan bahwa Benthos merupakan organisme perairan yang keberadaannya dapat dijadikan indikator perubahan kualitas biologi perairan sungai. Selain itu, organisme bentos juga dapat digunakan sebagai indikator biologis dalam mempelajari ekosistem sungai. Hal ini disebabkan adanya respon yang berbeda terhadap suatu bahan pencemar yang masuk dalam perairan sungai dan bersifat immobile.
Benthos sendiri mempunyai berbagai ciri-ciri yang diantaranya menurut Sudarjanti dan Wijarni (2006) adalah :
a) Mempunyai toleransi yang berbeda terhadap berbagai tipe pencemaran dan mempunyai reaksi yang cepat.
b) Ditemukan melimpah di perairan, terutama di ekosistem sungai, dipengaruhi oleh berbagai tipe polutan yang ada.
c) Mempunyai keanekaragaman yang tinggi dan mempunyai respon terhadap lingkungan yang stress.
d) Hidup melekat didasar perairan.
e) Mempunyai siklus hidup yang panjang.
Gambar. Planaria
Berdasarkan ukurannya, organisme hewan benthos digolongkan atas:
a) Makrobentos (0, 425 – 15 mm)
b) Meiobentos (0,05 – 1 mm)
c) Mikrobentos (< 50 μ, misalnya Protozoa, Rotifer, dan Nematode)
Organisme yang termasuk makrozoobentos diantaranya adalah: Crustacea, Isopoda, Decapoda, Oligochaeta, Mollusca, Nematoda dan Annelida. Taksa-taksa tersebut mempunyai fungsi yang sangat penting di dalam komunitas perairan karena sebagian dari padanya menempati tingkatan trofik kedua ataupun ketiga. Sedangkan sebagian yang lain mempunyai peranan yang penting di dalam proses mineralisasi dan pendaur ulangan bahan-bahan organik, baik yang berasal dari perairan maupun dari daratan.
Gambar. Lymnaea
Mahmudi, dkk, (1999), juga mempertegas bahwa makrozoobentos mempunyai peranan penting di ekosistem sungai, yaitu :
(1) dapat memberikan informasi mengenai pemindahan dan penggunaan energi dalam ekosistem sungai,
(2) mempunayi peranan dalam proses self purification sungai, dan
(3) dapat digunakan untuk kepentingan restorasi perairan sungai dengan cara menciptakan habitat yang mendorong kolonisasi makrozoobentos. Komunitas makrozoobentos bahkan menjadi sumber energi untuk perikanan di ekosistem sungai.