Untuk menjamin kebehasilan usaha budidaya rumput laut maka harus dilakukan usaha perawatan selama masa pertumbuhan, bukan hanya terhadap tanaman itu sendiri tapi juga fasilitas budidaya yang digunakan. Oleh karena itu peranan pengelola (pembudidaya) rumput laut sangat diperlukan untuk memperkecil kemungkinan adanya kerusakan khsusunya kekuatan alam yang tak terduga.
Dalam pemeliharaan rumput laut terdapat beberapa permasalahan yang sering dihadapi oleh petani rumput laut, antara lain :
1) Kerusakan konstruksi tanam yang disebabkan oleh gerakan arus dan ombak serta perusakan dari proses penangkapan ikan dengan menggunakan jaring maupun bahan peledak atau bahan beracun.
2) Kondisi yang disebut “ice-ice”. Ice-ice sering salah diartikan sebagai serangan penyakit, tapi sebenarnya ini adalah gejala air yang tidak mengalir dan naiknya temperatur.
3) Ikan-ikan yang memakan rumput laut dan tumbuhan epiphytic (berbagai jenis alga yang tumbuh pada rumput laut)
4) Kurangnya bahan tanam atau bibit yang baik.
5) Kerusakan fisiologis akibat mengalirnya air tawar.
Sedangkan pada budidaya Eucheuma di pantai/laut, ombak dan arus akan berperan membawa zat makanan. Tetapi selain itu, akan membawa partikel zat padat yang akan menempel pada thallus rumput laut sehingga akan mengganggu proses fotosintesis. Selain itu penempelan biofouling juga akan menghambat proses pertumbuhan rumput laut karena selain sebagai penyaring makanan juga dapat menghalangi intensitas cahaya matahari ke dalam rumput laut.
Pemeliharaan yang meliputi pengawasan dan perawatan baik konstruksi budidaya maupun tanaman harus dilakukan terus menerus agar keberhasilan budidaya maksimal. Konstruksi budidaya harus dipelihara dari kerusakan yang disebabkan olah alam atau menurunnya daya tahan bahan. Ombak besar dapat menyebabkan tercabutnya patok, jangkar serta putusnya tali ris dan ris utama. Setiap kerusakan yang terjadi karena pengaruh angin dan ombak, seperti kerusakan konstruksi atau posisi rakit, tali yang kendor atau putus, segera diperbaiki.
Pembersihan terhadap sampah atau berbagai penempel pada rakit maupun pada rumput laut juga dilaksanakan pada kesempatan yang sama, dan dimana perlu bibit yang rusak atau terlepas dari ikatannya diganti dengan yang baru. Pengamatan dan perawatan dilaksanakan dengan frekuensi antara 3 kali seminggu sampai 1 kali seminggu. Semakin sering pengontrolan dilakukan di lapangan maka tanaman rumput laut juga akan semakin terjaga kualitas dan kuantitasnya.
Gambar 15. Pemeliharaan rumput laut yang ditanam dengan metode dasar
Menurunnya daya tahan bahan menyebabkan patahnya patok, rakit atau putusnya tali ris atau ris utama. Dalam rangka pemeliharaan maka harus dilakukan pengawasan setiap hari dan perbaikan terhadap bagian-bagian yang rusak segera dilakukan. Tertundanya perbaikan menyebabkan kerugian lebih besar karena makin banyaknya tanaman yang hilang.