1. Berdasarkan ukuran
Berdasarkan ukurannya, maka organisme tanah atau jasad hayati tanah ini dikelompokkan menjadi tiga kelompok, yaitu (1) Makrobia tanah, jika berukuran di atas 10 mm, (2) Mesobia, jika berukuran 0,2- 10 mm, dan (3) Mikrobia, jika berukuran < 0,2 mm (200 mm).
2. Berdasarkan Cara Memperoleh Energi
Berdasarkan cara memperoleh energi, mikroorganisme tanah dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu (1) fototrof yaitu mikroorganisme yang memperoleh energi dari sinar matahari, dan (2) kemotrof yaitu mikrobia yang memperoleh energi dari oksidasi senyawa anorganik, seperti senyawa N (amonia dan nitrit), sulfur, zat besi atau senyawa karbon sederhana, dan metana. Selain itu berdasarkan sumber karbon yang digunakannya, mikroorganisme tanah dapat digolongkan menjadi dua kelompok yaitu (1) ototrof atau litotrof yaitu kelompok mikroorganisme yang menggunakan CO2, HCO3, CO3 sebagai sumber karbon, dan (2) heterotrof atau organotrof yaitu kelompok mikroorganisme yang menggunakan C organik sebagai sumber karbon.
Mikroflora yang tergolong fototrof meliputi alga, bakteri hijau biru (cianobactery), bakteri lembayung dan hijau. Mikroflora yang tergolong fotohetotrof adalah bakteri lembayung non sulfur, dan heliobakteri yaitu bakteri pembentuk endospora, bascilus dan clostridium.
Mikroflora yang tergolong kemoototrof antara lain bakteri pengoksidasi NH4+ (Nitrobacter), dan pengoksidasi nitrit. Kelompok mikroflora kemoototrof dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu (1) kelompok yang menggunakan CO2 antara lain bakteri nitrosomonas, bakteri pengoksidasi sulfur (Thiobacillus thiooxidans), bakteri pengoksidasi Fe (Thiobacillus ferrooxidans) dan (2) kelompok yang menggunakan HCO3, contoh Pseudomonas sp. Sedangkan mikroflora yang termasuk kelompok kemoheterotrof adalah bakteri perombak selulosa.
3. Berdasarkan Keberadaanya dalam Tanah
Berdasarkan keberadaannya dalam tanah, mikroorganisme tanah dibagi dalam dua kelompok besar yaitu (1) mikrobia otokton (autochtonous) yakni mikrobia setempat pada tanah-tanah tertentu dan atau bersifat endemik, contohnya bakteri Azospirillum halopraeferen yang selalu ditemukan di tanah berkadar garam tinggi (salin), (2) mikrobia zymogen yaitu mikrobia yang pertumbuhannya dipengaruhi oleh adanya perlakuan khusus seperti penambahan pupuk, bahan organik dan pengelolaan tanah. Selain itu dikenal juga mikrobia trasien yaitu mikrobia yang keberadaannya di dalam tanah bersifat sebagai penetap sementara. Mikrobia trasien umumnya merupakan mikrobia yang dimasukkan ke dalam tanah baik disengaja ataupun tidak disengaja.
4. Berdasarkan Fungsi Khususnya
Berdasarkan spesifikasi fungsinya, mikroorganisme tanah digolongkan menjadi dua kelompok utama, yaitu
(a) Mikroorganisme spesifik fungsional jika fungsinya dalam tanah bersifat spesifik, misalnya bakteri nitrosomonas dan nitrobacter yang berperan dalam nitrifikasi, bakteri rhizobium yang berperan dalam fiksasi N bebas, endomikoriza yang berperan dalam penyediaan dan penyerapan hara P oleh tanaman.
(b) Mikroorganisme non spesifik fungsional jika berperan tidak spesifik, misalnya mikrobia dekomposer bahan organik.
5. Berdasarkan Pengaruhnya terhadap Pertumbuhan Tanaman
Jika dikaitkan dengan pertumbuhan tanaman, maka mikroorganisme tanah dikelompokkan menjadi tiga kelompok yaitu, (1) biota yang menguntungkan, (2) biota yang merugikan, (3) biota tanpa pengaruh. Jika di suatu tanah, keberadaan kelompok mikroorganisme yang menguntungkan dalam tanah jumlahnya dominan, maka pertumbuhan tanaman menjadi baik. Jika kelompok mikroornanisme yang merugikan dominan keberadaannya dalam tanah, maka pertumbuhan tanaman akan jelek.
Untuk tujuan agar mikroorganisme tanah yang menguntungkan jumlahnya dapat dimaksimalkan, dan yang merugikan dapat diminimalkan, serta mikrobia yang tanpa pengaruh dapat dimanfaatkan, sehingga pertumbuhan dan produksi tanaman dapat dioptimalkan, maka pengembangan biologis dan bioteknologi tanah menjadi penting untuk dikembangkan sebagai dasar pertanian organik.
Gambar 1. 34. Pertanian Organik dengan Menggunakan Pupuk Kandang