Parasit adalah suatu organisme yang hidup pada organ luar atau pada organ dalam organisme lain (berbeda spesies), yang bersifat merugikan. Organisme parasit terdiri dari protozoa, jamur, serangga tingkat rendah, cacing dan lain-lain. Parasit dapat menyebabkan ikan sakit. Berdasarkan tempat tinggal parasit dikelompokan menjadi 2 golongan;
1) Ecto-parasit (external parasite); yaitu parasit yang hidup pada organ tubuh sebelah luar dari inangnya.
2) Endo-parasit (internal parasite); yaitu parasit yang hidup pada organ tubuh sebelah dalam dari inangnya.
Berdasarkan siklus hidupnya parasit terbagi menjadi beberapa golongan yaitu:
1) Intermitten parasites yaitu parasit yang siklus hidupnya secara periodik pada waktu tertentu berada menempel diluar atau didalam tubuh inang, sedang pada waktu lainnya harus meninggalkan tubuh inang, bila siklus ini tidak dialami maka parasit akan mati.
2) Facultative parasites yaitu parasit yang masa hidupnya dapat bebas tanpa organisme inang. Parasit ini hanya sewaktu-waktu saja perlu inang, seperti mencari makan atau berkembang biak.
3) Obigatery parasites yaitu parasit seluruh siklus hidupnya menempel diluar atau didalam tubuh inang, Parasit ini akan mati bila tidak ada inangnya.
Inang dalam hal ini adalah ikan atau udang dapat digolongkan berdasarkan sifat parasit yang menumpanginya.
1) Intermediate host (inang sementara) yaitu inang yang akan ditumpangi parasit pada stadia tertentu saja (larva). Pada stadia lainnya ada pada inang lainnya.
2) Ultimate host (inang terakhir) yaitu inang yang akan ditumpangi parasit yang telah dewasa saja.
3) Definitive host (inang tetap) inang yang hanya dapat ditumpangi oleh parasit tertentu saja, tanpa inang ini parasit tidak dapat hidup.
4) Indefinitive host (inang tidak tetap) inang yang tidak hanya dapat ditumpangi parasir tertentu saja. Tetapi Inang lainnya masih dapat hidup bila ditumpangi parasit tersebut
Tiga tingkatan penyakit yang mungkin terjadi adalah:
1) akut; Infeksi terjadi dengan cepat sehingga ikan mati tanpa menunjukkan gejala yang jelas.
2) kronis; Infeksi terjadi secara perlahan dan secara sistemik serta menujukkan berbagai gejala yaitu pembengkakan rongga tubuh, yang dapat disertai dengan ulcer dan atau exophthalmia.
3) Laten; Infeksi terjadi sangat lemah sehingga ikan tampak tidak menunjukkan gejala penyakit, tetapi berpotensial sebagai pembawa (carrier).
Sifat inang dapat dikatakan sebagai vector bila dapat membawa suatu parasite tertentu, oleh karena itu penyakit dibedakan dengan;
1) Penyakit Primer
Pada ikan tertentu yang sudah kebal terhadap penyakit dapat dikatakan sebagai vector (seperti pada ikan yang sudah dewasa). Ikan tersebut walaupun terdapat patogen (agen-agen yang menyebabkan penyakit), tetapi tidak menimbulkan penyakit yang berarti pada ikan tersebut. Patogen tersebut akan menular dan menimbulkan gejala sakit pada ikan lain yang lebih lemah (ikan kecil).
2) Penyakit sekunder
Patogen (agen-agen yang menyebabkan penyakit) akan menyebabkan penyakit bila adanya factor stress pada ikan;
a) Kekurangan gizi makanan
b) Perubahan kualitas air diluar daya tahan ikan.
c) Penangan ikan waktu panen, pemindahan ikan dari satu tempat ke tempat lainnya yang menyebabkan stress pada ikan.