Warna pada air disebabkan oleh adanya partikel hasil pembusukan bahan organik, ion-ion metalalam (besi dan mangan), plankton, humus, buangan industri, dan tanaman air. Adanya oksida besi menyebabkan air berwarna kemerahan, sedangkan oksida mangan menyebabkan air berwarna kecoklatan atau kehitaman. Kadar besi sebanyak 0,3 mg/l dan kadar mangan sebanyak 0,05 mg/l sudah cukup dapat menimbulkan warna pada perairan (peavy et al., 1985 dalam Effendi, 2003).
Kalsium karbonat yang berasal dari daerah berkapur menimbulkan warna kehijauan pada perairan. Bahan-bahan organik, misalnya tanin, lignin, dan asam humus yang berasal dari dekomposisi tumbuhan yang telah mati menimbulkan warna kecoklatan. Pada lingkungan budidaya warna air yang didapati juga bermacam-macam, antara lain dipengaruhi oleh kandungan plankton yang tergandung di dalam air baik fitoplankton maupun zooplankton, larutan tersuspensi, dekomposisi bahan organik, mineral maupun bahan lain yang terlarut dalam air.
Warna air yang disebabkan oleh dominasi plankton dapat mempengaruhi warna air, sehingga secara tidak langsung dari warna perairan juga dapat menggambarkan kesuburan perairan. warna air yang disebabkan oleh dominasi plankton antara lain:
a) Hijau, disebabkan oleh Dunaleilla dan Chlorella yang merupakan pakan alami yang baik untuk biota budidaya, namun ada juga warna hijau yang didominasi oleh Chaetomorpha dan Enteromorpha yang memeiliki pengaruh kurang baik terhadap kehidupan biota budidaya.
b) Hijau tua, disebabkan oleh dominasi Mycrocystis, Spirulina, Oscillatoria dan Phormidium yang termasuk blue green algae. plankton ini mengindikasikan banyaknya bahan organik dalam perairan seperti ammonia dan hydrogen sulfide, sehingga perairan dengan warna ini kurang baik untuk kegiatan budidaya biota air.
c) Kuning kecoklatan, disebabkan oleh Chaetocheros, Nitzchia, Gyrossigma dan Skletonema atau yang termasuk Diatom. diatom akan tumbuh cepat pada lingkungan yang bersuhu rendah.
d) Hijau kecoklatan, disebabkan karena kandungan Bacillariophyta, warna air ini bagus untuk area pertambakan karena mengindikasikan banyaknya fitoplankton yang dapat dimanfaatkan langsung oleh zooplankton
e) Coklat kemerahan, disebabakan karean Peridinium dan Schizothrix calcicolla atau dari jenis Phytoflagellata yang berbahaya karena beracun sebagian plankton dapat mengeluarkan endotoksin yang merugikan biota budidaya.
Gambar 2. Kolam ikan dengan warna hijau dan kecoklatan
Bahan anorganik juga sering memberikan warna-warna tertentu seperti kalsium karbonat memberikan warna kehijau-hijauan, belerang dapat memberikan warna hijau dan besi oksida memberikan warna merah.Ada beberapa warna-warna air alami karena beberapa sebab:
a) Pada umumnya lautan berwarna biru, hal ini disebabkan oleh sinar matahari yang bergelombang pendek (sinar biru) dipantulkan lebih banyak dari pada sinar lain.
b) Warna kuning, karena di dasarnya terdapat lumpur kuning, misalnya Sungai Kuning di Cina.
c) Warna hijau, karena adanya lumpur yang diendapkan dekat pantai yang memantulkan warna hijau dan juga karena adanya plankton-plankton dalam jumlah besar.
d) Warna putih, karena permukaannya selalu tertutup es seperti di laut kutub utara dan selatan.
e) Warna ungu, karena adanya organisme kecil yang mengeluarkan sinar-sinar fosfor seperti di laut ambon.
f) Warna hitam, karena di dasarnya terdapat lumpur hitam seperti di laut hitam
g) Warna merah, karena banyaknya binatang-binatang kecil berwarna merah yang terapung-apung.