Pada lingkungan air sebagai media hidup biota air, sering terjadi perubahan-perubahan pada parameter kualitas air seperti derajat keasaman air ( pH – kandungan unsur H+ atau OH- ), kelarutan oksigen (O2), kandungan amoniak NH3, kandungan asam sulfida (H2S), suhu air dan lain-lain. Perubahan lingkungan air ini dapat mempengaruhi kehidupan biota air, terutama bagi biota air yang mempunyai daya toleransi terhadap perubahan parameter kualitas air yang sempit.
Pengaruh bagi ikan dan udang dapat menyebabkan tekanan secara fisiologis (fungsi organ tubuh – seperti insang, jantung) yang kurang baik. Tekanan fisiologis dapat menyebabkan lemahnya kondisi ikan dan udang sehingga mudah diserang baik oleh parasit maupun bakteri.
Pada kondisi tertentu perubahan parameter kualitas air dapat pula meyebabkan kematian bagi ikan dan udang, seperti rendahnya kandungan oksigen terlarut, tingginya kandungan amoniak dan asam sulfida. Perubahan lingkungan air yang kurang baik dapat disebabkan terganggunya keseimbangan penguraian bahan organik oleh decomposer (biota pengurai) maupun adanya masukkan dari luar lingkungan air tersebut. Penyakit akibat lingkungan pada ikan dan udang masih sering terjadi. Penyakit ini berdasarkan pada penyebabnya dibedakan menjadi 2 golongan yaitu yang disebabkan oleh faktor abiotik dan biotik.
A. Faktor Abiotik
1) Suhu/temperatur
2) pH
3) Kesadahan
4) Bahan cemaran
B. Faktor Biotik
Algae yang menutupi permukaan air akan mengganggu proses pernafasan ikan. Sedangkan algae yang tumbuh dalam air akan berpengaruh pada pergerakan ikan. Ikan akan terperangkap pada algae tersebut. Selain itu algae sel tunggal yang berupa filament akan masuk ke dalam lembar insang dan akan mengganggu pada proses pernafasan ikan dan udang, sehingga lama kelamaan ikan dan udang akan mengalami kekurangan oksigen.
lama kelamaan ikan dan udang akan mengalami kekurangan oksigen. Beberapa algae yang tumbuh berlebih (blooming) akan berpengaruh pada pengurangan kandungan oksigen dalam air terutama pada waktu malam hari yaitu proses metabolisme algae. Selain itu akibat dari proses pembusukan algae yang mati dapat menimbulkan bahan beracun seperti amoniak. Beberapa algae akan bersifat racun bagi ikan misalnya dari jenis Mycrocystis aeruginosa.
Protozoa merupakan zooplankton yang mempunyai pertumbuhan populasi yang bersamaan dengan adanya fitoplankton. Beberapa jenis protozoa seperti Euglena sp dapat meracuni ikan dan udang bila populasinya tinggi (blooming). Akan tetapi beberapa jenis fitoplankton kelimpahan dan komposisinya disuatu perairan merupakan parameter biologi yang dapat dijadikan indikator untuk mengevaluasi kualitas dan tingkat kesuburan suatu perairan.
Hal ini dikarenakan fitoplankton merupakan penyumbang oksigen dan sebagai sumber makanan bagi zooplankton. Pentingnya peranan fitoplankton sebagai pengikat awal energi matahari menjadikan fitoplankton berperan penting bagi kehidupan laut dan danau. Dengan demikian keberadaan fitoplankton dapat menjaga kestabilan lingkungan hidup suatu perairan. Ikan memiliki morfologis dan fisiologis yang berbeda dengan hewan lain yaitu :
1) Kulit ikan tidak mempunyai horny layer
2) Tidak mempunyai kelenjar multiseluler dan sebaceous gland
3) Pada sistem tulang dan tulang rawan berubah selama hidup ikan
4) Osteoclast umumnya tidak terdapat pada ikan
5) Mempunyai dark muscle di bagian lateral
6) Osmoregulasi berbeda
7) Fisiologis dipengaruhi oleh suhu lingkungan
Sehingga ikan memiliki daya tahan terhadap keseimbangan lingkungan yang berbeda dengan hewan lain. Pada kondisi normal ikan secara fisiologis terutama pada fungsi kekebalan tubuh akan memproduksi antibodi yang seimbang dengan daya serang dari parasite maupun bakteri yang ada pada lingkungannya. Keseimbangan ini akan menjaga ikan dan udang tetap tumbuh secara normal. Udang memiliki morfologis dan fisiologis yang berbeda dengan ikan yaitu :
1) Kulit udang dilapisi dengan khitin yang cukup keras
2) Memiliki hepatopankreas yang berfungsi untuk metabolisme dan menjaga kekebalan udang terhadap penyakit.
3) Bernafas dengan insang
4) Hidup didasar perairan
5) Fisiologis dipengaruhi oleh suhu lingkungan
Sehingga Udang memiliki daya tahan terhadap keseimbangan lingkungan yang berbeda dengan ikan.