Tanah sebagai habitat mikroorganisme berfungsi sebagai media alam untuk pertumbuhan dan melakukan segala aktivitas fisiologinya. Tanah menyediakan nutrisi, air dan sumber karbon yang diperlukan untuk pertumbuhan dan aktifitas mikroorganisme. Di dalam hal ini, lingkungan tanah seperti faktor abiotik (yang meliputi sifat fisik dan kimia tanah) dan biotik (adanya mikrobia lain dan tanaman tingkat tinggi) ikut berperan dalam menentukan tingkat pertumbuhan dan aktivitas mikroorganisme tanah.
Struktur tanah, aerasi tanah, ketersediaan air dan suhu tanah merupakan sifat-sifat fisik yang berperan dalam menentukan kelangsungan proses fisiologi mikro-organisme. Sementara diantara sifat kimia tanah yang berpengaruh terhadap mikroorganisme tanah adalah pH tanah, potensial redoks serta ada tidaknya substrat yang bersifat racun. Sebagai habitat mikrobia, tanah dihuni oleh lebih satu jenis mikroorganisme dengan berbagai ragam spesiesnya.
Sesama mikroorganisme saling mempengaru-hi, saling bergantung dan bahkan tidak jarang satu dengan yang lain melakukan persaingan dalam rangka mempertahankan hidupnya. Di dalam tanah, mikroorganisme tidak saja berinteraksi dengan sesama mikro-organisme, tetapi juga dengan organisme tingkat tinggi seperti dengan tanaman yang tumbuh di sekitarnya. Dalam hal ini akar tanaman akan membebaskan sejumlah senyawa organik yang bermanfaat sebagai sumber karbon dan energi bagi kehidupan mikroorganisme, meskipun terdapat juga senyawa yang bersifat meracun bagi satu jenis mikroorganisme tertentu.
Adanya senyawa meracun akan menyebabkan pertumbuhan atau aktivitas mikroorganisme dalam memperbaiki tingkat ketersediaan unsur hara bagi tanaman sekaligus penyerapannya oleh tanaman akan terhambat atau bahkan terhenti. Interaksi Antar Mikroorganisme Populasi mikroorganisme yang mendiami suatu tanah biasanya lebih dari satu jenis mikroorganisme. Antara sesama mikroorganisme akan saling berinteraksi, baik interaksi netral, positif dan dapat pula bersifat negatif.
Bentuk interaksi netral selalu terjadi secara teratur, dan bersifat sangat alami. Kehadiran satu populasi dalam interaksi netral tidak mempunyai pengaruh langsung terhadap kehidupan dan perkembangan populasi yang lain. Interaksi yang saling memberikan pengaruh positif pada masing-masing populasi dikenal sebagai bentuk simbiosis, baik dalam bentuk mutualisme maupun protokooperatif. Bentuk interaksi kebalikannya, dikenal dengan pola kehidupan antagonisme yaitu bentuk interaksi satu merugikan yang lain, apakah dalam bentuk parasitisme atau amensalisme.
Bentuk asosiasi antara mikroorganisme di dalam tanah, dapat saja berubah dari satu bentuk ke bentuk yang lain, perubahan ini dapat terjadi karena perjalanan waktu ataupun karena perubahan lingkungan. Contoh laju pertumbuhan per individu pemangsa (predator) yang paling tinggi terjadi pada saat kepadatan yang tinggi, dan pada saat itu laju pertumbuhan populasi mangsa menjadi negatif. Namun demikian, pada saat populasi mangsa turun di bawah ambang batas, populasi predator juga turun dan pada saat itu kompleksitas habitat memberikan kesempatan mereka hidup secara bersama.
Pengaruh asosiatif dan atau antagonistik di antara berbagai mikroorganisme dalam kehidupan dan perkembangannya di dalam tanah berlangsung sebagai akibat dari (1) perubahan ketersediaan nutrisi, (2) perubahan faktor lingkungan, (3) ketergantungan hidup mikroorganisme tertentu atas yang lain Kehidupan bersama antara bakteri perombak selulosa dengan bakteri autotrof dan atau heterotrof yang lain merupakan bentuk asosiasi komensalisme yang berdasarkan pada ketersediaan nutrisi. Bakteri perombak selulosa akan meng-hasilkan produk senyawa anorganik, asam organik serta produk senyawa antara yang esensial bagi berbagai aktivitas mikroorganisme non perombak selulosa.
Kehidupan bersama antara bakteri anaerobik dengan bakteri aerobik merupakan contoh baik untuk melihat pola komensalisme yang mendasarkan pada perubahan lingkungan. Bakteri aerobik akan mengkonsumsi oksigen bebas dari dalam tanah, sehingga tercipta kondisi yang baik bagi pertumbuhan mikroorganisme anerobik. Kehidupan bersama antara bakteri Nitrosomonas dan Nitrobacter merupakan contoh ketergantungan hidup mikroorganisme tertentu atas yang lain.
Bakteri Nitrosomonas mengoksidasi ammonia ke bentuk nitrit. Senyawa yang terakhir ini merupakan satu-satunya senyawa N yang diperlukan bagi kegiatan bakteri Nitrobacter untuk membentuk nitrat. Bakteri ini tidak mampu menggunakan sumber energi yang lain. Persaingan dalam memperoleh nutrisi, sebagaimana yang terjadi antara bakteri dan jamur merupakan contoh umum dari pengaruh antagonistik dalam pola kompetisi. Hal demikian terjadi pula dalam golongan mikrobia yang sama, misal antara inokulum yang dimasukkan ke dalam tanah (Azospirillum) dengan strain-strain Azospirillum yang terdapat di dalam tanah.