Salinitas didefinisikan sebagai jumlah bahan padat yang terkandung dalam tiap kilogram air laut, dengan asumsi semua karbonat diubah menjadi bentuk oksida, bromida dan iodin diganti dengan klorida dan Satuan salinitas dinyatakan dalam gram perkilogram, atau sebagai perseribu, yang lazim disebut “ppt”. Air laut juga mengandung butiran-butiran halus dalam suspensi. Sebagian zat ini akan terlarut dan sebagian lagi akan mengendap ke dasar laut dan sisanya diuraikan oleh bakteri laut. Semua zat-zat terlarut inilah yang menyebabkan rasa asin pada air laut.
Untuk mengukur tingkat keasinan air laut itulah maka digunakan istilah salinitas. Salinitas juga dapat digunakan di perairan manapun namun memang yang paling mencolok adalah di laut. Salinitas dapat didefinisikan sebagai jumlah total dalam gram bahan-bahan terlarut dalam satu kilogram air. Dalam keadaan stabil di laut kadar salinitasnya berkisar antara 34% sampai 35%. Tiap daerah memiliki kadar salinitas yang berbeda beda seperti di daerah tropis salinitasnya berkisar antara 30-35%, tetapi tidak terdapat pertambahan kadar garam.
Kadar garam ini tetap dan tidak berubah sepanjang masa. Lalu mengapa kadar salinitas di setiap perairan berbeda, padahal kadar garamnya tetap? Hal ini disebakan karena adanya distribusi salinitas di laut. Distribusi ini terjadi secara vertikal dan horizontal. Distribusi salinitas dipengaruhi oleh beberapa faktor utama, yaitu :
a) Pola sirkulasi air : membantu penyebaran salinitas
b) Penguapan (evaporasi) : semakin tinggi tingkat penguapan di daerah tersebut, maka salinitasnya pun bertambah atau sebaliknya karena garam-garam tersebut tertinggal di air contohnya di Laut Merah kadar salinitasnya mencapai 40%.
c) Curan hujan (presipitasi) : semakin tinggi tingkat curah hujan di daerah tersebut, maka salinitasnya akan berkurang atau sebaliknya hal ini dikarenakan terjadinya pengenceran oleh air hujan.
d) Aliran sungai di sekitar (run off) : semakin banyak aliran sungai yang bermuara pada laut maka salinitasnya akan menurun dan sebaliknya.
Berdasarkan perbedaan salinitasnya perairan dapat dibedakan menjadi 4 kelompok, antara lain :
a) Perairan tawar (fresh water) yaitu perairan yang memiliki salinitas berkisar antara 0 – 5 ppt. contohnya pada air minum, air sungai, sumur, dsb
b) Perairan payau (brakish water) yaitu perairan yang memiliki salinitas berkisar antara 5 – 30 ppt, contohnya pada daerah hutan bakau, muara sungai, dan daerah tambak.
c) Perairan laut (saline water), yaitu perairan yang memiliki salinitas berkisar antara 30 – 50 ppt. contohnya laut lepas
d) Perairan hipersaline (brine water), yaitu perairan yang memiliki salinitas > 50 ppt. contohnya laut yang dekat kutub
Variasi salinitas dalam air laut akan mempengaruhi jasad-jasad hidup akuatik melalui pengendalian berat jenis dan keragaman tekanan osmotik. Jenis-jenis biota akuatik ditakdirkan untuk mempunyai hampir semua jaringan-jaringan lunak yang berat jenisnya mendekati berat jenis air laut biasa, sedangkan jenis-jenis biota yang hidup di dasar laut (bentos) mempunyai berat jenis yang lebih tinggi daripada air laut di atasnya. Salinitas menimbulkan tekanan-tekanan osmotik.
Pada umumnya kandungan garam dalam sel-sel biota laut cenderung mendekati kandungan garam dalam kebanyakan air laut. Kalau sel-sel itu berada di lingkungan dengan salinitas lain maka suatu mekanisme osmoregulasi diperlukan untuk menjaga keseimbangan kepekatan antara sel dan lingkungannya. Pada kebanyakan binatang estuaria penurunan salinitas permulaan biasanya dibarengi dengan penurunan salinitas dalam sel, suatu mekanisme osmoregulasi baru terjadi setelah ada penurunan salinitas yang nyata (Romimohtarto, 1985).
Cara-cara osmoregulasi meliputi perlindungan luar dari perairan sekitarnya, perlindungan membran sel, mekanisme ekskresi untuk membuang kelebihan air tawar dan sel dari badan. Kemampuan untuk menghadapi fluktuasi yang berasal dari Salinitas terdapat pada kelompok-kelompok bintang beraneka ragam dari protozoa sampai ikan. Biota estuaria biasanya mempunyai toleransi terhadap variasi salinitas yang besar (euryhalin). Contohnya ikan bandeng (Chanos chanos), ikan belanak (Mugil sp.) dan ikan mujair (Oreochromis mossambicus).