Substrat perairan merupakan dasar perairan dimana alga laut dapat tumbuh dan berkembang dengan baik. Penyebaran alga laut dan kepadatannya di suatu perairan tergantung pada tipe substrat, musim dan komposisi jenis. Menurut Mubarak dan Wahyuni (1981) jenis-jenis substrat yang dapat ditumbuhi oleh alga laut adalah pasir, lumpur dan pecahan karang. Tipe substrat yang paling baik bagi pertumbuhan alga laut adalah campuran pasir, karang dan pecahan karang.
Pada substrat perairan yang lunak seperti pasir dan lumpur, akan banyak dijumpai jenis-jenis alga laut Halimeda sp, Caulerpa sp, Gracillaria sp. Sedangkan dasar perairan yang bersubstrat keras seperti karang hidup, batu karang dan pecahan karang akan banyak di jumpai jenis-jenis alga laut Sargassum sp, Turbinaria sp, Ulva sp, dan Entermorpha sp. Nontji (1993) menyatakan bahwa sedikitnya alga laut yang terdapat pada perairan dengan dasar pasir atau berlumpur, disebabkan karena terbatasnya benda keras yang cukup kokoh untuk tempat melekatnya.
Susunan kimia dari substrat tidak mempengaruhi kehidupan alga laut, hanya sebagai tempat melekatnya alga laut pada dasar perairan. Alga laut Eucheuma sp paling baik pertumbuhannya adalah pada dasar perairan berkarang.
Oksigen terlarut sangat penting karena sangat dibutuhkan oleh organisme air. Oksigen terlarut umumnya banyak dijumpai pada lapisan permukaan, oleh karena gas oksigen berasal dari udara di dekatnya melakukan pelarutan (difusi) ke dalam air. Fitoplankton juga membantu menambah jumlah kadar oksigan terlarut pada lapisan permukaan diwaktu siang hari. Penambahan ini disebabkan oleh terlepasnya gas oksigen sebagai hasil dari fotosintesis.
Kelarutan oksigen dilaut sangat penting artinya dalam mempengaruhi kesetimbangan kimia air laut dan juga dalam kehidupan organisme. Oksigen dibutuhkan oleh hewan dan tanaman air, termasuk bakteri untuk respirasi. Baku mutu DO untuk rumput laut adalah lebih dari 5 mg/l (Sulistijo dan Atmadja, 1996), hal ini berarti jika oksigen terlarut dalam perairan mencapai 5 mg/l maka metabolisme rumput laut dapat berjalan dengan optimal. Buesa (1977) dalam Iksan (2005) menyatakan bahwa perubahan oksigen harian dapat terjadi di laut dan bisa berakibat nyata terhadap produksi alga bentik. Untungnya oksigen biasanya selalu cukup untuk metabolisme alga (Chapman, 1962 dalam Iksan, 2005).