Pengelolaan sumber daya air dilaksanakan secara terpadu (multi sektoral), menyeluruh (hulu-hilir, kualitas-kuantitas, berkelanjutan (antar generasi)), berwawasan lingkungan dengan DAS (satuan wilayah hidrologis) sebagai kesatuan pengelolaan. Satu sungai, satu rencana, satu pengelolaan secara terpadu dengan memperhatikan sistem pemerintahan yang sekarang (desentralisasi) dapat ditentukan bahwa :
1) Satuan sungai dalam artian DAS yang merupakan kesatuan wilayah hidrologis yang dapat mencakup wilayah administratif yang ditetapkan sebagai satu kesatuan wilayah yang tidak dapat dipisah-pisahkan.
2) Dalam satu sungai hanya berlaku satu rencana induk dan rencana kerja yang terpadu, menyeluruh, berkelanjutan dan berwawasan lingkungan.
3) Dalam satu sungai ditetapkan satu sistem pengelolaan yang dapat menjamin keterpaduan kebijakan strategis dan perencanaan operasional dari hulu sampai hilir.
Pengembangan dan pengelolaan sumber daya air secara nasional dilakukan secara holistik, terencana dan berkelanjutan. Perencanaan, pengembangan serta pengelolaan sumber daya air yang bersifat spesifik harus dilakukan secara terdesentralisasi dengan tetap memperhatikan kesatuan wilayah DAS. Pendayagunaan sumberdaya air harus berdasarkan prinsip partisipasi dan konsultasi pada masyarakat di setiap tingkatan dan mendorong pada tumbuhnya komitmen bersama antar pihak-pihak terkait (stakeholder) dan penyelenggaraan seluruh kegiatan/aktivitas yang layak secara sosial.
Sesuai dengan definisi pengelolaan DAS yaitu upaya manusia dalam mengendalikan hubungan timbal balik antara sumberdaya alam dan manusia di dalam DAS dan segala aktivitasnya, dengan tujuan membina kelestarian dan keserasian ekosistem serta meningkatkan kemanfaatan sumberdaya alam bagi manusia secara berkelanjutan, maka sebagai konsekuensinya setiap peraturan perundang-undangan maupun kebijakan yang mengatur tentang alokasi sumberdaya alam akan langsung berpengaruh terhadap performance suatu DAS sebagai satuan ekosistem dengan segala komponen yang ada.
Keterpaduan pengelolaan DAS sangat diperlukan yaitu dalam upaya pendekatan ekosistem karena pengelolaan DAS ini melibatkan semua pihak yang sangat berkepentingan dan sangat kompleks yaitu melibatkan multi sumberdaya (alam dan buatan), multi kelembagaan, multi para pihak terkait (stakeholder) dan bersifat lintas batas (administrasi dan ekosistem). Pola pengelolaan DAS bertumpu pada mekanisme koordinasi dan kooperasi.
Fungsi koordinasi adalah proses pengendalian berbagai kegiatan, kebijakan atau keputusan berbagai organisasi dan kelembagaan sehingga tercapai keselarasan dalam pencapaian tujuan dan sasaran yang disepakati. Dua aspek penting dalam koordinasi adalah aspek koordinasi kebijakan dan koordinasi kegiatan atau program. Koordinasi kebijakan secara umum menyerupai koordinasi dalam perumusan kebijakan dan pengambilan keputusan.
Karena pengelolaan DAS melibatkan banyak sektor maka akan terjadi tumpang tindih kebijakan dan bahkan tabrakan kepentingan antar departemen sektoral. Untuk mencegah permasalahan tersebut menurut Asdak C. (2007) maka perlu dilakukan koordinasi dalam perumusan kebijakan yaitu :
1) Koordinasi kebijakan preventif, yaitu pencegahan sedini mungkin terjadinya tabrakan kepentingan antara berbagai instansi yang terkait.
2) Koordinasi strategis, lebih diarahkan kepada upaya penyelarasan antara suatu kebijakan tertentu dengan kepentingan strategis pencapaian tujuan umum yang telah disepakati bersama.
Koordinasi program secara umum lebih berkaitan dengan koordinasi kegiatan administrasi, menurut C. Asdak (2007) dibedakan menjadi :
1) Koordinasi administrasi prosedural, pada umumnya diarahkan untuk menciptakan keselarasan berbagai prosedur dan metoda administratif.
2) Koordinasi administrasi substansial, yang diarahkan untuk menciptakan keselarasan kerja dan kegiatan (sinergi), bagi setiap unit organisasi termasuk individu dalam rangka tercapainya efisiensi, efektivitas, dan produktivitas pelaksanaan kebijakan demi tercapainya tujuan akhir yang telah disepakati bersama.