Organisme tanah (mikrofauna, makrofauna dan mikroflora) memiliki peranan penting dalam kesuburan tanah. Aktivitasnya sebagai pengendali kesuburan tanah ditunjukkan dengan memperbaiki beberapa sifat fisik tanah yang meliputi (1) struktur tanah, (2) tekstur dan konsistensi tanah, (3) retensi dan pergerakan air, serta (4) pertukaran gas. Secara kimiawi terjadi pula perubahan sifat tanah yang meliputi (1) kandungan hara tersedia, (2) meningkatnya kapasitas tukar kation, (3) pH dan kandungan C organik.
Perhatikan Gambar 1.35 berikut ini. Gambar ini menunjukkan berbagai jenis makrofauna yang hidup di dalam tanah. Apa dan bagaimana peran makrofauna di dalam tanah dikaitkan dengan kesuburan tanah ?
Gambar 1.35. Berbagai Jenis Makrofauna
Perubahan sifat tanah tersebut merupakan akibat aktivitas makrofauna dalam mempengaruhi proses (1) humifikasi dan mineralisasi bahan organik tanah, (2) pencampuran dan pengadukan tanah, (3) pembentukan pori makro dan total pori. Makrofauna sebagai pencampur dan pengaduk tanah, akan memacu perubahan struktur tanah yang semula bersifat kompak dan masif menjadi tanah yang bertekstur remah. Pengadukan tanah bagian bawah dengan bagian atas (bioturbasi) menyebabkan adanya translokasi fraksi tanah berukuran halus dari bagian bawah ke permukaan tanah.
Di samping itu, bekas tempat yang dilewatinya akan membentuk liang-liang (lubang saluran), yang bermanfaat sebagai lalu lintas pertukaran udara dan pergerakan infiltrasi air. Kemampuan mikrobia sebagai pembenah sifat-sifat tanah, mengisyaratkan bahwa kehadiran makrofauna dalam tanah sangat diperlukan untuk menjamin terciptanya lingkungan hidup yang nyaman bagi tanaman dan mikrobia yang sedang tumbuh.
Keberadaan makrofauna di dalam tanah mempercepat dekomposisi bahan organik. Bahan organik segar merupakan pakan bagi makrofauna. Melalui pencernaannya terjadi penguraian bahan organik, dan sebagian hasil pengurainya dibebaskan kembali ke tanah dalam bentuk kotoran yang dihasilkannya. Kotoran makrofauna umumnya berisi C organik dan unsur tersedia yang lebih tinggi dibandingkan tanah disekitarnya. Namun demikian komposisi kimia kotoran makrofauna sangat beragam, bergantung pada jenis makrofaunanya, jenis dan jumlah pakannya serta jenis tanahnya.
Dewasa ini kajian mengenai manfaat makrofauna sebagai pembenah kesuburan tanah belum seintensif pada mikrobia. Hanya terdapat beberapa makrofauna yang telah mendapatkan perhatian yang lebih serius. Pada wilayah beriklim basah kajian mengenai makrofauna tersebut terpusat pada cacing tanah, karena cacing tanahlah yang merupakan makrofauna dominan pada lingkungan tersebut. Sekalipun demikian kepadatan populasi, komposisi spesies dan sifat-sifat kotoran cacing sangat dipengaruhi oleh tingkat kelembaban tanah, tipe tanah dan macam vegetasi.
Di daerah beriklim kering, makrofauna yang telah banyak mendapat perhatian adalah rayap, yang merupakan makrofauna dominan pada tempat tersebut. Aktivitas rayap dalam membenahi sifatsifat tanah sangat bergantung pada iklim, jenis tanah, jenis tanaman dan penggunaan lahan.