Oksigen dalam udara tidak dapat dihilangkan sama sekali dari atmosphere, karena adanya oksigen masih diperlukan untuk menjaga berlangsungnya metabolisme secara normal. Di bawah 1–3% oksigen, banyak komoditi mengalami kerusakan. Demikian halnya dengan konsentrasi CO2, batas toleransi komoditi terhadap gas-gas tersebut bervariasi. Beberapa komoditi tidak tahan pada konsentrasi CO2 tinggi. Beberapa komoditi tahan pada konsentrasi CO2 1% sedang komoditi lain tahan pada 20% atau lebih.
Tabel 6. Konsentrasi O2 dan CO2 yang dianggap baik bagi penyimpanan dan Pengangkutan
Meskipun pada konsentrasi O2 dan CO2 yang optimum masih selalu ada peluang tertimbunnya gas ethylene dan usaha harus dilakukan untuk menyerap (srubbing) dengan zat-zat kimia seperti kalium permanganat atau dengan ultraviolet irradiasi, atau dengan merendahkan tekanan udara sampai 1/10 udara normal. Terdapat tiga cara yang biasanya digunakan dalam penyimpanan yang melibatkan perubahan atmosphere yaitu :
a. CA = controlled atmosphere
b. MA = modified atmosphere
c. LPS = low pressure (hypoboric) storage.
Perbedaan antara CA dan MA storage adalah pada sistem penyimpanan CA, konsentrasi karbondioksida (CO2) dan oksigen (O2) diatur secara terus menerus melalui suatu alat yang ada di luar sistem, sedang MA storage, konsentrasi karbondioksida dan oksigen diatur dan ditentukan melalui respirasi dari produk dan derajat permeabilitas bahan kemasan atau ke hermitisan dari ruang maupun kendaraan pengangkutan.
Untuk beberapa komoditi beberapa jenis gas lain dapat ditambahkan, misalnya gas karbon monoksida atau dapat pula dikurangi atau disingkirkan seperti misalnya gas ethylene. Pada sistem LPS (Low Pressure Storage) penurunan kadar oksigen dicapai denganmengurangi tekanan total dari udara disekitar produk.