Dilihat dari segi parameter kimia, air yang baik adalah air yang tidak tercemar secara berlebihan oleh zat-zat kimia yang berbahaya bagi kesehatan antara lain air raksa (Hg), alumunium (Al), Arsen (As), barium (Ba), besi (Fe), Flourida (F), Kalsium (Ca), derajat keasaman (pH), dan zat kimia lainnya. Sedangkan dari parameter mikrobiologis air yang digunakan untuk keperluan sehari-hari harus bebas dari bakteri patogen. Bakteri golongan coli, Salmonella, Clostridium perfingens yang merupakan indikator dari pencemaran air oleh bakteri pathogen.
Parameter mikrobiologi terdiri dari total mikroba, total coli, total coli tinja, Salmonella, Clostridium perfingens dan lain-lain. Secara laboratoris total coli digunakan sebagai indikator adanya pencemaran air bersih oleh tinja, tanah atau sumber alamiah lainnya. Sedangkan coli tinja digunakan sebagai indikator adanya pencemaran air bersih oleh tinja manusia atau hewan. Berdasarkan jumlah bakteri koliform yang terkandung dalam 100 cc sampel air (Most Probable Number/MPN), kondisi air dibagi ke dalam beberapa golongan, yaitu:
a) Air tanpa pengotoran ; mata air (artesis) bebas dari kontaminasi bakteri koliform dan patogen atau zat kimia beracun.
b) Air yang sudah mengalami proses desinfeksi ; MPN < 50/100 cc
c) Air dengan penjernihan lengkap; MPN < 5000/100 cc
d) Air dengan penjernihan tidak lengkap; MPN > 5000/100 cc
e) Air dengan penjernihan khusus (water purification); MPN > 250.000/100 cc. MPN yaitu jumlah perkiraan terdekat dari bakteri koliform dalam 100 cc air.
Bakteri patogen yang terdapat pada air tersebut dapat membentuk toksin (racun) setelah periode laten yang singkat yaitu beberapa jam. Keberadaan bakteri koliform yang banyak ditemui di kotoran manusia dan hewan menunjukkan kualitas sanitasi yang rendah dalam proses pengadaan air. Makin tinggi tingkat kontaminasi bakteri koliform, makin tinggi pula risiko kehadiran bakteri patogen, seperti bakteri Shigella (penyebab muntaber), Salmonella typhosa (penyebab tipus), kolera, dan disentri.
Sedangkan dari segi parameter radioaktivitas, yang dilihat adalah Strontium-90, Radium-226 dan aktifitas β total. Air yang digunakan pada waktu menyiapkan bahan baku harus sesuai dengan standar mutu, supaya menghasilkan mutu produk pangan yang baik. Air yang jernih belum tentu memenuhi persyaratan yang dibutuhkan dalam industri pangan. Olah karenanya, perlu dilakukan pengujian terhadap air yang akan digunakan.
Pengujian terhadap kualitas air dapat dilakukan dengan uji fisik, kimiawi, biologis, dan organoleptik. Pemerintah telah menetapkan standar mutu yang dapat digunakan sebagai pedoman dalam menentukan kualitas air. Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan No. 416/PERMENKES/ PER/X/1990 telah ditetapkan persyaratan kualitas air bersih seperti tersaji pada tabel 15.