Bahan pengemas harus disimpan dalam ruang penyimpanan yang bersih dan terjaga suhu maupun kelembaban udaranya. Kelembaban dan suhu udara akan berpengaruh terhadap pertumbuhan mikroba. Jamur biasanya tumbuh baik pada kemasan dari karton yang lembab. Demikian pula dengan serangga kecil. Bahan pengemas yang sudah rusak harus dikeluarkan dari ruang penyimpanan karena akan berpengaruh terhadap bahan pengemas lainnya.
Jamur yang sudah tumbuh pada bahan pengemas akan berusaha tumbuh dan menyebarkan diri ke bahan kemasan yang ada di sekitarnya. Bahan pengemas yang rusak karena dimakan serangga atau tikus sebaiknya dibuang. Demikian pula dengan bahan kemasan yang sudah terkena air seni atau kotoran tikus. Bila ditemui adanya potongan tubuh, air seni, atau kotoran serangga maupun tikus, sebaiknya ruang penyimpanan bahan pengemas segera dibersihkan.
Selama penyimpanan, bahan pengemas harus dikemas secara baik. Pengemasan ditujukan untuk mencegah pencemaran dan memudahkan penggunaan produk. Kemasan harus mampu mengatasi gangguan terhadap produk perikanan, baik yang disebabkan oleh serangan jamur, serangga, atau tikus.
Cara Penyimpanan dan Kondisi Ruang penyimpanan produk.
Cara penyimpanan dan kondisi ruang tempat penyimpanan dapat mempengaruhi terjadinya proses kontaminasi silang. Kondisi ini sangat terasa pada industri skala besar, di mana pengiriman produk dilakukan dalam partai besar sehingga kadangkala produk perlu disimpan terlebih dahulu sebelum tiba waktu pengiriman. Produk yang disimpan pertama kali harus dikeluarkan lebih awal dibandingkan produk yang disimpan kemudian.
Proses penyimpanan yang kurang baik dapat menyebabkan produk sudah kadaluarsa sebelum keluar dari ruang penyimpanan. Cara penyimpanan produk harus diatur sedemikian rupa untuk mencegah terjadinya kontaminasi silang. Tata letak penyimpanan produk harus memperhatikan dan menjaga sirkulasi udara, ruang penyimpanan dan sirkulasi udara diantara produk yang disimpan. Sirkulasi udara yang kurang lancar sering menyebabkan peningkatan suhu maupun kelembaban udara pada titik-titik tertentu.
Peningkatan suhu dan kelembaban udara akan memicu pertumbuhan mikroba atau serangga tertentu pada produk. Kondisi ini dapat menjadi penyebab terjadinya kontaminasi silang. Penyimpanan produk perikanan harus dilakukan dengan cara yang benar dan menggunakan peralatan yang sesuai. Kondisi lingkungan penyimpanan juga perlu diperhatikan. Suhu udara dan kelembaban, serta adanya cahaya matahari secara langsung dapat mempengaruhi penurunan mutu bahan atau produk perikanan yang disimpan.
Penurunan mutu produk perikanan biasanya diikuti dengan serangan mikroba pencemar. Kondisi demikian pada akhirnya dapat menjadi sumber kontaminasi silang. Penyimpanan bahan mentah dan produk akhir dilakukan dengan menyimpannya pada tempat yang telah disediakan. Selalu hindari kontak dengan sumber kontaminan, baik secara langsung maupun tidak langsung. Perhatikan lama penyimpanan, karena bahan mentah memiliki masa simpan terbatas.
Ruangan harus dilengkapi sarana pendingin. Suhu lingkungan penyimpanan produk perikanan yang sudah dibekukan harus dipertahankan suhunya pada -18oC atau lebih rendah lagi. Suhu ruang pendingin untuk menyimpan produk perikanan suhunya diatur berkisar 4oC hingga -1oC.