Senyawa-senyawa ammonium kuartener tidak boleh digabung dengan ammonium kuartener pembersih untuk pembersihan dan sekaligus desinfeksi, karena quat dapat diinaktifkan dengan senyawa-senyawa deterjen seperti bahan pembasah anionik dan lain-lain. Akan tetapi, peningkatan alkalinitas melalui formulasi dengan deterjen yang cocok dapat memperkuat aktivitas bakterisidal dari quat. Walaupun quat tidak ideal untuk permukaan-permukaan yang kontak dengan makanan, tetapi quat mempunyai kemampuan dalam mereduksi populasi mikroba pada permukaan-permukaan lain.
Keuntungan utama dari senyawa-senyawa ammonium kuartener adalah :
o stabilitas terhadap reaksi dengan bahan organik,
o ketahanan terhadap korosi logam,
o stabil terhadap panas,
o noniritas kulit, dan
o efektif pada pH tinggi.
Kerugian senyawa-senyawa ammonium kuartener adalah :
o efektivitas terbatas (termasuk tidak efektif terhadap kebanyakan mikroorganisme gram negatif kecuali Salmonella dan Escherichia coli,
o tidak dapat bekerja sama dengan deterjen sintetik tipe anionik, dan
o pembentukan film pada peralatan penanganan dan pengolahan pangan.
Senyawa-senyawa kuartener stabil, bahkan dalam larutan encer dan bila dipekatkan dapat disimpan dengan aman untuk waktu lama tanpa kehilangan aktivitasnya. Karena QACs merupakan surfaktan kationik, maka mereka mempunyai kemampuan sebagai deterjen, tetapi tidak dapat digunakan bersama-sama dengan surfaktan anionik atau bahkan dengan surfaktan non ionik tertentu. Garam-garam air sudah cenderung untuk mereduksi aktivitas QACs, pengaruhnya tergantung pada panjang rantai alkil dalam QACs, bila digunakan sequestering agens yang tepat, aktivitasnya dapat dipulihkan kembali.
Pemilihan sequestran harus dilakukan dengan hati-hati karena beberapa tidak dapat bersama-sama dengan beberpa QACs dan menyebabkan pengendapan. Alkali-alkali kuat menginduksi efek yang serupa dan tidak dapat digunakan bersamaan dengan banyak senyawa QACs. Secara umum deterjen yang mengandung bahan-bahan tersebut harus dibilas dengan hati-hati sebelum pemberian QACs. Biguanida merupakan desinfektan kationik lain yang digunakan terbatas, mempunyai keuntungan lebih aktif terhadap bakteri gram negatif, tidak memproduksi busa dan tidak dipengaruhi air sadah.