Oleh karena itu, penyembuhan penyakit infeksi ini membutuhkan pengobatan yang ditujukan untuk menghilangkan mikroba dari dalam tubuh. Mikroba yang menimbulkan infeksi melalui makanan antara lain Brucella sp, E. Coli, Salmonella sp, Shigella sp, Streptococcus grup A, Vibrio cholerae, dan virus hepatitis A. Sumber kontaminan pada bahan pangan dibagi dalam 2 kelompok besar yaitu kontaminan primer dan kontaminan sekunder.
Kontaminan primer disebabkan oleh perlakuan sebelum dipanen atau dipotong (untuk hewan) misalnya berasal dari makanan ternak, pupuk kandang, penyiraman dengan air tercemar dan lain-lain. Kontaminan sekunder dapat terjadi pada beberapa tahapan setelah bahan pangan dipanen atau dipotong, misalnya selama pengolahan, penjualan, penyajian. distribusi maupun penyimpanan dan persiapan oleh konsumen. Sumber kontaminan sekunder dapat berasal dari produk itu sendiri misalnya daging, telur, susu, ikan, unggas, seafood, sayuran, buah-buahan dan rempah-rempah. Bahan pangan tersebut apabila tidak ditangani secara baik dapat terkontaminasi oleh mikroorganisme.
Beberapa hal yang memungkinkan untuk menjadi sumber kontaminasi pada industri pangan secara lebih rinci adalah :
1) Bahan baku mentah
Proses pembersihan dan pencucian untuk menghilangkan tanah dan untuk mengurangi jumlah mikroba pada bahan mentah. Penghilangan tanah amat penting karena tanah mengandung berbagai jenis mikroba khususnya dalam bentuk spora.
Gambar 3. Bahan Mentah
2) Peralatan/mesin yang berkontak langsung dengan makanan
Alat ini harus dibersihkan secara berkala dan efektif dengan interfal waktu agak sering, guna menghilangkan sisa makanan dan tanah yang memungkinkan sumber pertumbuhan mikroba. Peralatan pengolahan yang tidak dicuci bersih seperti pisau (slicer), talenan, dan peralatan lain yang berhubungan langsung dengan bahan pangan; juga peralatan saji seperti piring, gelas, sendok, botol dan lain-lain dapat menjadi sumber kontaminan.
3) Peralatan untuk sterilisasi
Harus diusahakan dipelihara agar berada di atas suhu 75 – 760C agar bakteri thermofilik dapat dibunuh dan dihambat pertumbuhannya.
4) Air untuk pengolahan makanan
Air yang digunakan sebaiknya memenuhi persyaratan air minum. Jika menggunakan air yang tidak berasal dari keran utama (misalnya dari tangki air yang tidak bertutup di loteng), air tersebut dapat mengandung bakteri yang berbahaya
5) Air pendingin kaleng
Setelah proses sterilisasi berakhir, kalengnya harus segera didinginkan dengan air pendingin kaleng yang mengandung disinfektan dalam dosis yang cukup. Biasanya digunakan khlorinasi air sehingga residu khlorine 0,5 – 1,0 ppm.
6) Peralatan/mesin yang menangani produk akhir (post process handling equipment). Pembersihan peralatan ini harus kering dan bersih untuk menjaga agar tidak terjadi rekontaminasi.
7) Pekerja
Pekerja yang menangani makanan dalam suatu industri pangan merupakan sumber kontaminasi yang penting, karena kandungan mikroba patogen pada manusia dapat menimbulkan penyakit yang ditularkan melalui makanan. Sebagai gambaran, manusia yang sehat saja mampu membawa mikroba seperti Eschericia coli, Staphlococcus aureus, Salmonella, Clostridium perfringens dan Streptococi (Enterokoki) dari kotoran (tinja). Streptococi umumnya terdapat dalam kulit, hidung, mulut, dan tenggorokan, serta dapat mudah dipindahkan ke dalam makanan. Manusia sehat bisa menjadi pembawa mikroba-mikroba tersebut dikarenakan pola atau kebiasaan tidak menjaga kebersihan diri sendiri.