Pemilihan metode pembersihan tergantung dari tujuan, jenis dan karakteristik bahan yang dicuci serta jenis dan karakteristik kotoran yang akan dipisahkan. Contohnya jika Anda mau memisahkan kotoran sekam dari beras dapat dilakukan dengan cara menampi dan jika akan menghilangkan kotoran pada buah-buahan dapat dilakukan pencucian.
a. Sortasi
Memisahkan kotoran dari komoditas sering juga disebut dengan sortasi. Sortasi dapat dilakukan secara manual dengan memisahkan secara langsung kotoran yang tercampur pada bahan. Cara ini cocok diterapkan untuk produk dengan ukuran yang relatif besar misalnya memisahkan buah-buahan yang sehat dari buah yang tercemar secara biologis atau busuk. Untuk komoditas serealia penggunaan alat sortasi sederhana seperti nyiru dan saringan akan efektif memisahkan kotoran berupa kerikil, ranting atau biji kosong. Secara lebih detil cara-cara sortasi bahan hasil pertanian dan perikanan telah dibahas pada bagian yang lain dalam buku ini.
b. Pencucian
Dalam proses pencucian air memegang peranan yang paling penting. Air yang digunakan untuk kegiatan pencucian hasil pertanian dan perikanan hendaknya memiliki persyaratan tertentu, khususnya untuk pencucian produk perikanan air yang digunakan harus memenuhi standar industri pengolahan ikan. Air selain digunakan untuk mencuci bahan juga digunakan sebagai pencuci peralatan dan sanitasi ruangan. Secara fisik, air harus jernih, tidak berwarna, dan tidak berbau.
Secara kimiawi, air yang digunakan hendaknya tidak mengandung bahan-bahan kimia berbahaya, seperti logam berat, senyawa beracun dll. Dilihat dari segi mikrobiologis, air yang digunakan untuk mencuci harus bebas dari mikroorganisme pathogen atau mikroorganisme yang dapat menyebabkan penyakit.
Tabel 4. Standar mutu air untuk pengolahan hasil perikanan
c. Penggunaan desinfektan
Untuk mengendalikan mikroorganisme pada bahan yang dibersihkan dengan proses pencucian, maka pada air pencucinya bisa ditambahkan desinfektan. Jenis dan konsentrasi desinfektan yang digunakan tergantung pada jenis bahan yang dicuci. Sebagai contoh, penggunaan Benomly 600 ppm pada buah pisang dengan cara dicelupkan selama 0,5 – 1 menit bertujuan membunuh spora mikroorganisme yang terdapat di permukaan kulit buah pisang.
Bahan desinfektan yang sering digunakan adalah khlorin dengan dosis penggunaan 200 ppm. Setelah dicuci dengan larutan khlorin maka perlu dilakukan pembilasan untuk mengurangi konsentrasi khlorin sampai batas yang aman. Bahan lain yang dapat digunakan untuk pengganti khlorin diantaranya: khlorin dioksida, per acetic acid ozone, tri sodium pospat dan hidrogen peroksida.
d. Pemulihan (curing)
Setelah dilakukan pemanenan komoditas ubi, umbi dan kelompok rhizom misalnya bawang merah, jahe dan kentang dilakukan pemulihan dengan cara dijemur selama 1-2 jam sampai tanah yang menempel pada umbi kering dan mudah dilepaskan. Setelah itu, umbi segera disimpan di tempat yang dingin atau sejuk dan kering. Untuk kentang segera disimpan di tempat gelap (tidak ada penyinaran)! Curing juga berperan menutup luka yang terjadi pada saat panen
e. Mengepris dan menyiangi bahan hasil pertanian
Pertama-tama marilah kita pahami arti dari beberapa istilah yang mungkin belum terbiasa kita dengar dalam kehidupan sehari-hari. Kepris dalam Kamus Besar Bahasa Indonesia artinya menyiangi yaitu mencabuti rumput atau semak, menebangi dahan kayu di kebun dsb supaya bersih. Istilah tersebut selanjutnya diadopsi sebagai kegiatan membersihkan ikan sebelum dimasak, membului dan mengambil isi perutnya pada burung, membuang sisik dan isi perutnya pada ikan.
Berdasarkan sumber tersebut di atas dapat dianologikan bahwa mengepris atau menyiangi bahan hasil pertanian dan perikanan adalah menghilangkan bagian yang tidak dibutuhkan yang ada pada komoditas tersebut. Bagian tersebut dapat berupa bahan limbah yang bisa dimanfaatkan atau tidak dapat dimanfaatkan, misalnya kulit, bulu dan lain-lain. Bagian tersebut juga bisa merupakan sumber cemaran misalnya bagian akar yang membawa tanah, bagian isi perut yang banyak mengandung mikroorganisme. Penyiangan juga dapat mengurangi volume sehingga akan lebih menghemat biaya pengangkutan.