Pembersihan merupakan proses yang bisa dikatakan sederhana tetapi mampu memberikan dampak dan manfaat yang sangat besar. Perbersihan bertujuan untuk menghilangkan kotoran atau bahan yang tidak dikehendaki yang menempel atau terbawa pada hasil pertanian dan perikanan setelah bahan tersebut dipanen. Kebersihan komoditas pertanian dan perikanan sangat berpengaruh terhadap mutu, terutama kenampakan bahan.
Selain itu kotoran atau benda asing lain dapat menjadi sumber cemaran yang akan mengakibatkan kerusakan bahan, terutama jika cemaran itu berupa mikroorganisme. Oleh karena itu sebelum dipasarkan, hasil pertanian harus dibersihkan dari kotoran dan bagian-bagian yang tidak diperlukan. Pembersihan komoditas hasil perikanan, khusunya ikan, bertujuan menghilangkan kotoran yang sebagian besar merupakan sumber mikroba yang terdapat pada tubuh ikan.
Pembersihan sangat bergantung pada ukuran ikan. Pada ikan yang berukuran besar (seperti kakap, tenggiri), sisik, insang dan isi perut harus dibersihkan terlebih dahulu. Setelah itu, baru dilakukan pembelahan sepanjang garis punggung ke arah perut (tetapi jangan sampai terbelah dua) agar dagingnya tidak terlalu tebal. Isi perut dikeluarkan dengan cara menarik insang secara perlahan-lahan hingga seluruh isi perut dapat ditarik melalui rongga insang.
Pada ikan yang berukuran sedang (laying, kembung, atau mujair) tidak perlu dibelah, cukup dibuang sisik, insang, serta isi perutnya. Sedangkan ikan yang berukuran sangat kecil (teri, petek) ikan cukup dibersihkan dengan air bersih saja tanpa perlu membersihkan sisik, insang, maupun isi perutnya.
Gambar 23. Cara membelah ikan
Kotoran-kotoran pada bahan hasil pertanian dan perikanan, dapat dikelompokkan berdasarkan wujudnya dapat menjadi beberapa kelompok, seperti:
a) Kotoran berupa tanah
Kotoran ini biasanya merupakan kotoran hasil ikutan yang menempel pada bahan hasil pertanian pada saat bahan dipanen, terutama komoditas umbi-umbian seperti singkong, talas, kentang wortel dan lain-lain. Kotoran biasanya berupa tanah, debu, dan pasir. Kotoran ini merupakan media yang baik sebagai tempat tumbuh dan berkembangnya mikroorganisme yang berpotensi dapat merusak bahan hasil pertanian. Kotoran berupa debu dan tanah juga dapat mengkontaminasi sayur dan buah terutama bagian tanaman yang berdekatan tanah.
b) Kotoran berupa sisa pemungutan hasil
Jenis kotoran ini antara lain berupa kotoran-kotoran sisa pemungutan hasil tanaman yang merupakan bagian tanaman, seperti berupa : daun, dahan, ranting, biji, kulit dan lain-lain.
c) Kotoran berupa benda asing
Kotoran benda asing adalah kotoran yang bukan merupakan bagian dari tanaman. Kotoran berupa benda-benda asing seprti paku, batu, puntung rokok dll. Kotoran tersebut ada karena kecerobohan dalam penanganan hasil panen.
d) Kotoran biologis
Merupakan kotoran yang berupa makhluk hidup maupun hasil metabolismenya seperti serangga dan kotoran biologis lainnya yang tercampur dengan bahan hasil pertanian dan perikanan. Kotoran ini dapat membawa bibit penyakit seperti kolera, tipus, desentri dan lain-lain.
e) Kotoran mikrobiologis
Kotoran mikrobiologis yang berupa mikroorganisme maupun hasil metabolismenya seperti jamur, bakteri dan lain-lain yang tercampur dengan bahan hasil pertanian dan perikanan. Kotoran ini juga dapat membawa bibit penyakit seperti kolera, tipus, desentri dan lain-lain.
f) Kotoran berupa sisa bahan kimia
Kotoran jenis ini merupakan bahan kimia yang berasal antara lain dari obat-obatan pestisida, pupuk, asap kendaraan dan indstri yang mencemari udara serta limbah-limbah buangan pabrik yang mencemari sungai dan laut. Kotoran ini dapat menyebabkan keracunan pada konsumen. Pada konsentrasi tertentu, bahan kimia dapat menyebabkan keracunan secara langsung. Sedangkan pada konsentrasi yang rendah, dan bila terus menerus dikonsumsi akan tertimbun di dalam tubuh dan dapat mengakibatkan gangguan kesehatan. Memisahkan kotoran yang ada dalam bahan hasil pertanian dan perikanan dapat dilakukan proses sortasi secara manual, menggunakan alat sederhana dan menggunakan alat yang kompleks serta proses pencucian.