Suhu air yang ideal bagi organisme air yang dibudidayakan sebaiknya adalah tidak terjadi perbedaan suhu yang mencolok antara siang dan malam (tidak lebih dari 5°C). Pada perairan yang tergenang yang mempunyai kedalaman air minimal 1,5 meter biasanya akan terjadi pelapisan (stratifikasi) suhu. Pelapisan ini terjadi karena suhu permukaan air lebih tinggi dibanding dengan suhu air di bagian bawahnya.
Pada perairan tergenang, berdasarkan perbedaan panas pada setiap kedalaman, perairan dapat dikelompokkan (stratifikasi) menjadi tiga, yaitu :
a) lapisan epilimnion, yaitu lapisan sebelah atas perairan yang hangat dengan penurunan suhu relatif kecil, seluruh masa air tercampur dengan baik karena adanya angin dan gelombang
b) lapisan termoklin atau metalimnion, yaitu lapisan tengah yang mempunyai penurunan suhu sangat tajam, pada daerah ini setiap penambahan kedalaman 1 m maka suhu juga akan berkurang 1 °C
c) lapisan hipolimnion, yaitu lapisan paling bawah dimana padalapisan ini perbedaan suhu sangat kecil dan relatif konstan. pada lapisan ini hampir tidak terjadi pencampuran massa air sehingga suhu relatif dingin.
Gambar 5. Stratifikasi perairan tergenang berdasarkan perbedaan suhu
Stratifikasi suhu ini terjadi karena masuknya panas dari cahaya matahari kedalamkolom air yang mengakibatkan terjadinya gradien suhu secara vertikal. Pada kolam yang kedalaman airnya kurang dari 2 meter biasanya terjadi stratifikasi suhu yang tidak stabil. Oleh karena itu bagi para pembudidaya ikan yang melakukan kegiatan budidayaikan kedalaman air sebaiknya tidak lebihdari2 meter. Selain itu untuk memecah stratifikasi suhu pada wadah budidaya ikan diperlukan suatu alat bantu dengan menggunakan aerator/blower/kincir air.
Sifat-sifat tersebut merupakan sifat yang unik dari air dan sangat penting dalam penyebaran (dinamika) panas di dalam air. Dengan sifat-sifat air yang unik tersebut, maka air mendukung:
a) Kehidupan organisme dimusim dingin, karena air hanya membeku pada bagian permukaan.
b) Dengan perubahan suhu secara perlahan-lahan, hewan air mampu menyesuaikan diri pada setiap perubahan sifat-sifat air.
Sumber panas yang sangat mempengaruhi suhu air terutama dari:
a) Pancaran (radiasi) langsung dari sinar matahari.
b) Kondensasi (pengembusan) dari uap air.
c) Panas dari dasar perairan (pusat bumi).
d) Pengaruh panas dari atmosfir.
e) Panas dari hasil proses kimia dalam air.
Sedang faktor-faktor yang mempengaruhi penurunan suhu air adalah pada umumnya dari:
a) Penguapan (evaporasi).
b) Pemantulan/pelepasan panas kembali.
c) Pemantulan kembali cahaya matahari dari permukaan air ke atmosfir.