Ekspor hasil perikanan dan kelautan pada tahun 2011 mengalami peningkatan. Pada tahun lalu ekspor hasil perikanan dan kelautan nasional berhasil menembus angka USD3,34 miliar melebihi target pemerintah pada tahun 2011 sebesar USD 3,2 miliar. Dirjen Pengolahanan dan Pemasaran Hasil Perikanan (P2HP) mengemukakan pada tahun 2011 lalu terjadi dua kejadian penting pada sektor perikanan dan kelautan, antara lain adalah : pertama, musim panen dan musim penangkapan ikan yang tidak menentu sehingga sulit untuk mengetahui apakah pasokan tersebut memadai atau tidak untuk kebutuhan industri pengolahan ikan nasional.
Kedua, pada tahun 2011 triwulan ketiga, perekonomian Amerika Serikat (AS) dan Eropa mengalami kegoncangan krisis finansial namun KKP masih bisa mencapai angka peningkatan ekspor hingga USD 3,4 miliar. Awalnya Indonesia menduga terkena dampaknya, tapi ternyata ekspor kita bisa meningkat terus, dari nilai produksi nasional, baik di sektor perikanan budidaya maupun tangkap adalah untuk konsumsi. Tetapi hanya kurang lebih 20% yang kemudian diolah atau berupa bahan baku yang kemudian di ekspor.
Sementara untuk nilai total impor pada tahun 2011 sebesar 441 ribu ton. Di dalamnya ada 62 ribu ton bahan baku perikanan yang diimpor kemudian diolah dan dire-ekspor. Salah satu komoditas ekspor utama dari Indonesia adalah ikan tuna. Produksi tuna di Indonesia terus mengalami peningkatan dari tahun 2002 sebesar 148.439 ton hingga tahun 2005 mencapai 183.144 ton (dengan rataan kenaikan produksi setiap tahun sebesar 7,44 %) (DKP 2007).
Pengembangan industri tuna di Indonesia sangat prospektif karena daerah penangkapan ikan tersedia, pasar sudah terjalin serta didukung adanya program revitalisasi sektor perikanan oleh pemerintah Indonesia. Sejalan dengan meningkatnya produksi hasil tangkapan tuna, berkembang pula industri pengolahan komoditas tersebut, terutama di lokasi-lokasi yang merupakan sentra pendaratan tuna seperti Muara Baru – Jakarta, Pelabuhanratu – Jawa Barat, Cilacap – Jawa Tengah, Benoa – Bali, dan Bitung – Sulawesi Utara.
Industri pengolahan pada umumnya mengolah tuna menjadi produk segar (dingin) dalam bentuk utuh disiangi (fresh whole gilled and gutted), produk beku dalam bentuk utuh disiangi (frozen whole gilled and gutted); loin (frozen loin), steak (frozen steak) dan produk dalam kaleng (canned tuna) (DKP 2005). Ekspor hasil perikanan Indonesia ke Uni Eropa (termasuk Eropa Timur) pada tahun 2007 sebesar 82.462.139 kg dengan nilai US$ 296.096.624, sedangkan jumlah ekspor ke Amerika Serikat adalah sebesar 143.529.828 kg dengan nilai US$ 804.116.902, tetapi untuk ekspor ikan tuna segar khususnya ke Eropa mengalami penurunan akibat adanya penolakan.
Penolakan ini disebabkan oleh beberapa masalah, antara lain tingginya kadar histamin dan logam berat. Laporan FDA (Food and Drug Administration) tahun 2001-2005 menunjukkan adanya penolakan berbagai produk tuna Indonesia, karena kasus histamin dan logam berat. Tahun 2004 dalam laporan Rapid Alert System for Food and Feed (RASFF) UE, terdapat 39 kasus histamin pada ikan ekspor, dengan 32 kasus terdapat pada tuna.
RASFF merupakan salah satu kontrol sistem terhadap produk makanan dan perikanan yang masuk dan beredar di Uni Eropa. Tuna Indonesia disebutkan dalam laporan tersebut mengandung timbal, karbon monoksida dan histamin. Tindak lanjut dari laporan tersebut Uni Eropa menerapkan UE Commission Directive (CD) 236 tahun 2006 atau hambatan ekspor atas produk perikanan Indonesia. Commission Directive 236 adalah aturan dari Uni Eropa yang menyatakan bahwa terhadap setiap produk perikanan dari Indonesia harus dilakukan pemeriksaan di pelabuhan masuk. Commission Directive 236 telah menyebabkan tambahan biaya dan waktu tunggu bagi produk perikanan di pelabuhan masuk di Uni Eropa.